Der Managementplan gliedert sich in drei Teile: Teil I ist das Kerndokument des Managementplanes. Ausgehend von den langfristig gültigen allgemeinen Leitlinien des Nationalpark Donau-Auen und seinen spezifischen Rahmenbedingungen sowie einem Statusbericht über die Nationalparkentwicklung bis 2018 werden für die Managementperiode 2019-28 31 strategische Ziele für alle Arbeitsbereiche der Nationalparkverwaltung entwickelt. In Teil II werden auf Grundlage der Festlegungen in Teil I Ziele und Maßnahmen für wesentliche Managementbereiche umfassender abgeleitet und begründet sowie weiter spezifiziert. Teil III enthält detaillierte Regelungen für die Freizeitnutzung im Nationalpark.